Ha participado en numerosas actividades de divulgación científica, y en 2012 recibió la mención a la mejor comunicación científica por la continuación de actividades del Blog Complejidad, del que es autor, auspiciado por la Fundación Madri+d de la Comunidad de Madrid.
Recibió el Premio a la Excelencia Investigadora del Consejo Social de la URJC, Accesit modalidad en Ciencias, en enero de 2016. En 2020 fue el primero en recibir el Chieh-Su Hsu Award para investigadores distinguidos en Dinámica No Lineal y Control, y en 2022 se constituyó como el primer galardonado con el James Yorke Award por sus grandes contribuciones en Dinámica No Lineal y Teoría del Caos.
Supone un orgullo para Villaviciosa de Odón
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Al acto solemne han asistido el alcalde de la localidad, Juan Pedro Izquierdo, y el concejal de Educación, Pablo Rodríguez, quienes han felicitado a Fernández Sanjuan por la consecución de este nombramiento, que supone "un orgullo para Villaviciosa de Odón".