El Ayuntamiento de Navalcarnero ocupa la quinta posición del ranking elaborado por la Autoridad Independiente de Responsabilidad Fiscal (AIReF) sobre riesgos de sostenibilidad de las entidades locales, posicionándose en la categoría de "muy alto" -lo que se traduce en un posible retorno de entre 40 y 100 años- y empeorando su calificación respecto a análisis anteriores. Así, el municipio registra un 393% en cuanto a la suma de su deuda viva y el remanente de tesorería negativo, dividida ésta entre los ingresos corrientes (como indicador de la sostenibilidad de la deuda financiera). Por otro lado, el pago medio a proveedores, tenido en cuenta como alerta de la morosidad en la deuda comercial, se sitúa en 223 días. Por otra parte, el dividendo de su capacidad de financiación entre los ingresos corrientes es del 10%.
En 2017, Navalcarnero lideraba la clasificación de Corporaciones Locales con problemas financieros, convirtiéndose en el pueblo más endeudado de España y enfrentándose a una cifra de 220 millones de euros. Un año más tarde, la Cámara de Cuentas de Madrid reafirmaba este dato, que se mantuvo hasta 2019, en su informe de fiscalización de las cuentas generales locales, indicando que este Consistorio acumulaba un endeudamiento de 5.565 euros por habitante. A finales de 2021, la cuantía se había logrado reducir hasta un total de 993.511,24 euros a efectos del régimen de autorización, lo que ha hecho a la localidad descender de esa primera posición. Un dato considerable, teniendo en cuenta que en el trimestre anterior de 2021, la cifra ascendía aún a 1.415.344,58 euros.
A finales de 2021, la cuantía se había logrado reducir hasta un total de 993.511,24 euros, lo que ha hecho a la localidad descender de la primera posición de la clasificación
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El actual concejal de Hacienda, Juan Santos, portavoz de Vecinos por Navalcarnero, ha explicado en numerosas ocasiones para Televisión Digital de Madrid el origen de la deuda heredada. Entre otros aspectos, se apunta a unos trabajos de excavación para la construcción de unas cuevas bajo el casco histórico "con ilegalidades, delitos y fraudes" y que supusieron un desembolso millonario. Asimismo, el edil ha asegurado que "aún aparecen facturas guardadas en los cajones" y que el Ayuntamiento actual (ahora gobernado por PSOE y Vecinos por Navalcarnero) debe hacer frente al pago de sentencias derivadas de la gestión del exalcalde popular Baltasar Santos, a quien también se atribuyen gastos elevados en esculturas de granito, pasos de Semana Santa "desaparecidos" y obras "no realizadas".
Unos costes que se añaden a las partidas que se dejaron de ingresar al "perdonar cualquier tipo de carga tributaria" a la empresa SEPES, mediante un Convenio Urbanístico en sus parcelas de la Dehesa Mari Martín. En el Informe de la Cámara de Cuentas de la Comunidad de Madrid relativos a los ejercicios de 2007 y 2008 se hace alusión a "numerosas irregularidades contables, administrativas y contractuales" del que fuera primer edil, entre las cuales destaca "la imposibilidad" de ejecutar un convenio firmado en 1998 entre el Gobierno municipal de la época y la Diócesis de Getafe.